十天以后,郑芝龙被召回北京，向多尔衮当面解释，海军基地失守，大沽口炮台被毁的经过情况,以及他的罪行。
虽然说清廷的军事重点一直是在陆军方面，但在两年之前,遭受最惨痛的教训却是从海上打过来的，因此清廷对这支海军也确实寄于了厚望，同时也不惜花耗了巨资，修建了大沽口炮台，以保卫北京的安全。这两年来，清廷花费在大沽口炮台和海军身上的白银己经超过了二百万两，也实在是不算少了。
尽管多尓衮也没有指望让水军去进攻中华军的登州、浙江沿海地区，但至少也要能够自保吧，那知费尽二年心血，消耗了巨资才建立的水军，修筑的炮台在中华军的水师面前，居然还是不堪一击，而且在一夜之间，全部都毁于一旦，这样的结果当然让多尔衮难以接受。
清廷的其他大臣也同样对这一战的结果非常不满，而矛头也直接指向了郑芝龙，由其是听说，在中华军进攻炮台的时候，郑芝龙在水军基地中按兵不动，任凭中华军进攻炮台，也成为众人攻击郑芝龙的最大口实。
因此郑芝龙一回到北京，还没等回家，就立刻被多尔衮招进皇宫，面对他和十几位满汉重臣的质问。
其实郑芝龙在回京的路上早就预料到有这一出，己经想好了应对的话，因此面对盛怒的多尔衮，还有其他的大臣的质问，丝毫也不惊慌，而是镇定自若，道：“回禀摄政王，此次海军败阵，非战之过，仍是中华军的舰队数量众多，船坚炮利，舰大炮重，我军实在万难抵抗，故此才有此败。”
多尔衮没有开口，左侧的何会洛“哼”了一声，道：“郑提督，水师建立两年有余，耗资百万，打造大小舰船亦有一百余艘，又购买了红夷毛战船，这次中华军来攻，所用战船也不过百余艘，双方势均力敌，而你有基地可以存身，又有大沽口炮台相助，完全可以击败中华军，以报朝廷眷隆之恩。但却还一败涂地，不仅基地失陷，还累及大沽口炮台全军覆没，我看分明是你故意殆慢军机。”
郑芝龙道：“何大人，海军不比陆军，非一二年可见成效，而且下官早曾有言，水战无他，唯大船胜小船，大炮赢小炮耳。敌我双方的战船数量虽大致不差，但我大清的战船不过都是二三百料的小船，四百料以上的战船不足十艘，所有舰炮相加，也不过二百余订，根本就不堪大用，只有所购的红夷毛战船，每艘千料有余，可载舰炮五六十圢，到是可堪一战，只可惜只有四艘，孤掌难鸣。而中华军的战船，大半都在千料以上，就是二千料以上者，亦不下十数只，各舰所载火炮少则四五十门，多则近百门，如此大小悬殊，强弱分明，自是万难抵抗。”
顿了一顿，郑芝龙又道：“早先朝鲜使臣进献龟甲船，下官曾力言此船虚有其表，并无大用，不可轻造，此言各位大人，还有摄政王想必都没有忘记吧。然而诸公皆被朝鲜使用盅惑，不听下官之言，倾尽巨资，造龟甲船二十余艘，而一战尽没，当初若是将巨资全造红夷毛战船，纵使只得十艘，这一战也断不会如此。如今下官之言匀己效验，诸公当知下官当日所言无虚。”
郑芝龙说完之后，满殿肃静，这些话郑芝龙在以前确实都说过，因此一时也都无法再指责郑芝龙。
过了好一会儿，谭泰才道：“郑提督，但中华军进攻大沽口炮台，你未率战船出战，坐观成败，中华军攻入水寨，你也未做抵抗，反而弃寨而逃，这些点归都是事实吧，你又作何解释呢？”
郑芝龙道：“谭大人所说的，确实都是事实，但敌我双方实力悬殊，刚才下官己经说过，在当时的情况下，中华军以巨舰数十艘，火炮数千门，强攻炮台。同时也留下了大批战船，防备我水军出击，何况我大清水军只有这区区百余艘小船，就算出击迎战也是无济于事，因此下官也不敢轻举妄动，只能固守水寨。至于后来中华军来攻水寨，想那大沽炮台有坚城可守，火炮二百余门，红衣大炮不下百门，尚且难以守住。而水寨己无炮台掩护，更是难以支撑，因此下官才下令放弃水寨，撤入海河内，如此才保全了近五十艘战船。假如当时强行出战，必会落得全军覆没之局。下官并非怯战，实在是为了保全水军根本，还请慑政王明察。”
多尔衮沉默了半响之后，才道：“郑芝龙，你先暂且回家，听候处置。”
郑芝龙心里也清楚，多尔衮没有当廷降罪自己，实际也就等于是自己逃过了这一劫，虽然说降职罢官是不可僻免，但身家性命却是可以保住了。
现在郑芝龙也看开了，反正这个水师提督，当不当其实也都是那么一回事，不当反而更好一些。因此向多尔衮叩谢之后，这才出宫回到自己在北京的家里。
当时随郑芝龙一起降清的，还有郑芝龙后娶的几名妻妾，从及其他几个儿子郑世恩、郑世荫、郑世默等人，全家老少共有十余口人，刚降清时，清廷还打算利用郑芝龙，诱降郑成功，因此对郑芝龙也颇为优待，封他为一等精骑呢哈番，相当于候爵，并将郑氏一门都编入汉军正红旗。而郑芝龙也就在北京安下家来。
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