攻下了镇江府之后，商毅也终于收到了跨海突袭舰队攻占盛京的消息，同时也知道山东战区的跨海突袭的第二阶段己经开始。
虽然现在还不知道登陆京津地区的结果如何，但这个消息也己经使杭州统战部的人员兴奋不已，因为攻占了盛京，也就意味着跨海突袭行动终于取得了成功，清廷早晚都将会撤军北返，因此南方的局势也即将发生大的转拆变化，而商家军收复南京的计划，也大有成功的机会。
当然现在跨海突袭的行动也可以向各地的商家军公布，以提高各部军队的士气，同时这也是向整个南方宣扬商家军辉煌战绩的大好机会，毕竟这次的胜利不同于以前，商家军攻占的是清廷的旧都。虽然暂时还不知道南方各地的反应，但在江浙一带，商家军的所有部队得知了这一消息之后，也无不欢欣鼓舞，士气大涨。
而商毅也立刻下令，开始实施收复南京的第二阶段军事行动：首先命令长江舰队出击，向淸军的水军发动进攻，彻底封锁南京段长江的江面。
同时又命第三军驻守镇江，第一军和第七军联合出兵，进攻宁国府，第二军也抽调兵力，进驻和州，准备渡江攻击太平府，对南京形成彻底的合围之势。
商家军夺取了镇江府之后，长江舰队就驻汨在仪真到高资镇一带，对南京虎视眈眈。而清军的水师在上一次战败之后，也退守进龙山船场，这时清军在龙山船场里还有一百五十多艘战船，另外在九江鄱阳湖一带，还有约二百余艘战船。不过现在清军的水军都不敢再出击向商家军进攻，而且全部采取守势。但商家军因为等待北方的消息，也沒趁势再发动进攻。
同时商毅和黄震等人经过开会讨论，又下令调海军部第五分舰队进入长江口作战，以增援长江舰队的战斗力。因为长江舰队目前也隶属于海军部，而且黄震现在还是海军部的副统领,因此这样的兵力调动,以及在指挥上都并不存在什么问题。
接到了商毅的命领之后，黄震也立刻下令，长江舰队出击，向南京发动进攻，这一次进攻，仍然是以长江舰队的第一分舰队为先锋，指挥官何滨将舰队分为两队，第一队有三级巡洋舰一艘，四级驱逐舰七艘，五级护卫舰四艘，共计十二艘战船，首先向龙山发动了进攻。
自从洪承畴和多铎联名向北京发回公文之后，洪承畴离开南京，继续到黄州督战，而多铎暂时还留在南京，静观局势的变化，镇江被商家军收复之后，虽然这时多铎和洪承畴都还不知道清廷己经打算放弃南京，但也能意识到，现在南京的局势确实很危险了，于是也开始做好南京失守以后，清军退守到武昌府的准备。这一点到是和多尔衮的想法不谋而合。
而且因为直到这时长江航道始终还保持着通畅，而商家军对南京的合围也沒有完成，因此清军的撤离工作也做得不慌不忙，南京本是清廷平定南方的大本营，因此也聚集了不少的物资钱粮，现在清军要放弃南京了，这些物资钱粮自然也都要转移走，而且在前一阶段清军连继攻取了湖南、江西、福建、广东等地，又新收降以及抓获的一大批明朝宗室和官员，当然也都要带走。
于是多铎首先下令将南京的财产、物资、以及明朝的降官、包括被软禁在南京的郑芝龙一族，做为第一批撤离人员，当然其中也还有多铎在南京搜刮的私人财产和几个美女。分为水旱两路，水路运送的是物资财产，而陆路走的则主要是人员。首先向武昌府转移，然后从武昌府渡江北返进京。
陆路的部队因为人数不多，因此也准备得较快，由固山额真尹拜图带领着五千人马押送,首先从南京出发，沿长江向西行进。
而水路是要运送物资钱粮，清军出动一百多艘船只，其中运输船有八十余艘，护航的战船有三十余艘。清军的战船多是用商船、货船改造，而且经历了两场水战之后，小船基本都烧完了，现在留下的多数三百料以上的大船，而且还有十余艘四五百料的大船，因此运输量也颇为可观。
但就在清军的船队准备从南京启航的时候，正好商家军长江舰队从长江向清军发动进攻的时候，何滨正带领着前部的十三艘战船向龙山船厂这边行驶过来，得知这时清军的船只都停泊在南京金川门一带的江面的码头上，正在装船出发，因此何滨也立刻下令，各船排成一列纵队，向清军的船只发动进攻。同时又派小艇向后面的第二批舰队下令，让他们迅速赶来参战。
商家军的舰队突然杀到，也确实令清军有些措手不极，好在是水军统领刘梦蛟经过了二次水战之后，到是有了些经验，因此立刻下令，命准备好的三十余护航战船立刻出击，迎击商家军的战舰，为运输船队争取时间，然后又催促在码头装船的各船立刻启航出发，装好货物的船只直接向武昌进驶，到武昌去听候命令，而没装货的船则驶回龙山船厂內停泊。
虽然刘梦蛟的命令下得没错，但执行起来，却是一大堆问题，因为并不是所有船只都能在第一时间收到命令，结果有的船收到命令，立刻扬帆启航出发，而有的船却还在自码头驶进，结果互相撞在一起，前进不得。同时还有不少船只正在装船中，水手船员都还沒有到位，虽然撤了跳板，但却没法出航，另外还有不少只装了一部份货物的船只，也不知自己该是返回龙山船场，还是该驶向武昌，只能派人来向刘梦蛟迅问，也把刘梦蛟给忙得焦头烂额，情急之中，也下达了不少错误的命令，结果把本来就己经有些混乱的局面弄得更乱。真正顺利离开码头驶走的船只其实没几条。
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