随着北京城被攻克，肖天健同时也面临了一个重大的选择，当初他在南京城建立大中朝的时候，并未正式宣布将南京城定位为大中朝国都，为此朝中对于定都之事，早有争议，有很大一批人都认为，大中朝完全可以将南京城定为国都，而不必再将国都选定在北京，毕竟北京距离关外太近，很容易受到关外蒙古人和建奴的威胁，一旦定都于北京的话战略纵深实在是太浅了，京师的安全会无法得到保证，而且北方经过近几十年来的战祸还有气候的影响，不管是人口还是农业、商业都受到很大的破坏，定都北京的话，还要像大明王朝一样，要靠着南方对北方的支持，单是维持这么大的漕运，就是一项巨大的负担，所以朝中对于定都南京城的呼声非常高。
单是也有一些大臣认为，最好还是定都北京城，毕竟北京城经过大明二百余年的经营之后，已经相当繁华，而且定都在北京，可以利用政治方面的便利条件，更快的恢复北方农工商业，也便于吸引更多的南逃的难民返回北方定居，更容易吸引南方富裕的人口朝北方迁徙。
对于这两种意见，肖天健去年在建立大中朝之前，便已经了解到了，但是他迟迟并未作出决定，在他看来，这种争论对于今后他统治这个国家，还是有好处的，他不可能在大中朝之中建立一言堂，什么都由他自己来说了算，那样的话累死他，他也估计忙不过来，特别是在政务处理上，他自认为即便是他具备有后世的一些知识，但是他也并不能称之为一个非常合格的行政管理者，而且这个时代很多东西不同于后世，后世的许多制度，并不能照搬到这个时代，否则的话非但起不到良好的治国效果，弄不好还会造成更大的混乱。
说不好听一点，就是步子不能迈的太大，要不然的话，步子迈的太大，很容易扯到蛋，所以虽然肖天健知道今后世界将会朝什么方向发展，但是最起码现在他还不是全面推行后世那些制度的时候，更多的是要潜移默化，一步一步的来，逐渐的引导这个国家，朝着正确的方向发展，直至有一天，在这个国度之中建立起全新的政治制度。
以前对于定都之事，肖天健还可以拖着先不管，但是在他拿下北京城之后，这件事他便不得不面对了，所以在入京几天，各种事情还纷纷杂杂的时候，留守南京的诸部尚书们，便开始纷纷派人呈送奏折，一边祝贺肖天健打下北京城，另一边也开始动议定都之事。
可是肖天健考虑了一番之后，还是没有最后确定这件事，而是暂时令卢象升暂时以监察院总监之职，代领北直隶巡抚之职，暂时坐镇顺天府，负责收拾北直隶这一带的烂摊子，至于定都之事，他认为还是要再等一下再定。
虽然崇祯已死，大明王朝至此已经可以宣告覆灭，可是对于肖天健来说，还有一件很重要的事情没有落实，那就是崇祯的三个儿子太子朱慈烺、定王朱慈炯、永王朱慈照这三个人在大军攻占北京城之后，却始终没有消息，为此肖天健在入京之后，便着令冯卫汉所辖的兵部特情处追查这三人的去处。
可是从入京到现在，已经十天时间了，可是这三人却依旧没有一点消息，这让肖天健心中颇有些不安。
这三个人虽然年纪最大的太子朱慈烺也不过只有十三岁，最小的永王朱慈照仅仅不过六岁，可是他们的身份跟年龄无关，不管是谁，对于大中朝来说无疑都是一颗重磅的定时炸弹，一旦要是让他们逃到南方的话，立即便会被尚未归服大中朝的那些明朝官员们扶起来，成立起一个小朝廷，一旦要是这样的话，无疑可以凝聚起来已经成为一盘散沙的残存的那些旧明势力，继续和大中朝作对。
虽然肖天健并不担心收拾不下南方诸省，但是毕竟一个统一的南方，和各自为政的南方诸省相比，一旦让他们成立一个公认的小朝廷的话，会对于下一步统一南方造成很大的麻烦。
所以肖天健这些天来，除了忙着“抄家搂钱”之外，同时也在一直关注着这件事，另外他还在七月二十也就是他入京第三天的时候，以大中皇帝的身份，下诏昭告天下，正式宣布了崇祯皇帝的死讯，也正式宣布了大明王朝的覆灭。
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