然而菲律宾的这个货物税实施得并没有那么顺利。万历九年(1581)，总督龙奇虑对出口到新西班牙的货物征收2%的税，对明人带到马尼拉的货物征收3%的税。谁知道他推行此税率并未得到准许，甚至还因此受到责备。
这些责备之声首先来自于菲律宾名义上的行政上级单位、远在美洲的新西班牙殖民当局。
1581年3月10日，刚刚被委任为马尼拉首任主教的多明我会士萨拉萨尔在奔赴菲律宾的途中，于墨西哥的奇拉帕致信菲律宾财政官员莱德斯马，坚称菲律宾现在还不便征收货物税，他的理由是“因为那个国家(菲律宾)处于新建阶段，尚不足以自持”。
与之相呼应的是，在新政推行的次年(万历十年，1582)，菲律宾的“某些商人和重要人士”便以匿名方式上报西班牙王室称：
龙奇虑总督对所有布匹征收3%的税，导致中国商人极为不满。那些中国商人声称不会再来马尼拉，因为现在交易已经不再自由。由于我们征服这个地区还没有多久，这个国家(菲律宾)如此脆弱和广袤，若各方面都没了自由，恐怕会遭至毁灭。
“中国商人极为不满”这个说法并不是胡说八道，因为这里“中国商人”的代表就是高务实。高务实在拿下安南之后，通过京华的船队向马尼拉当地某些官员表达了不满。
不过高务实当时说这话的主因是马尼拉的基础建设还相当糟糕，马尼拉港的港口设施甚至比不上临时兴修不到一年的钦州港。
对比一下，红朝刚刚改开的时候，是不是一边努力提升硬件软件全方位的基础保障，一边做出各种包括免税在内的优惠政策，目的就是吸引外商、侨商等入驻？你菲律宾当局连个港口都还没修到让人满意，就要开始征税了，那我作为头号大商还不得表达一下抗议？
当然，话说回来，彼时已经打定主意先不动西班牙人的高务实其实也就说说而已，他知道欧洲人的思维方式与中国人不同，此时的西班牙人尤其只能靠“利益可能受损”来反逼着改变。
但当时令高务实疑惑的事情发生了，即便新税制遭到种种非议，最终还是得到正式批准。1583年(万历十一年)5月10日，奉命调查新政是否妥当的菲律宾最高法院将最终结果汇报如下：
国王陛下下令最高法院调查前任总督龙奇虑对进出口货物执行3%税率的政策；以探查政策是否合适，若不当就废除，或者采取相应举措修正。考虑到菲律宾的王室金库资金短缺，当地支出巨大，最高法院决定3%的税率政策继续执行。
3%的税率在当时的高务实看来还算勉勉强强，所以菲律宾当局既然坚持要征，那征了也就征了。虽然高务实要求京华的人时不时就抗议一下，对菲律宾当局乃至于西班牙国王施压，但他确实没有真当多大个事来关心。
然而，时间又过了五年，到了今年年初之时，高务实接到报告，说菲律宾当局在一个月内连续两次提高税率。
报告称，第六任菲律宾总督圣地亚哥·德·维拉先是将税率调整为6%，半个多月之后忽然又改变主意，宣布税率再次调整，且直接提升到10%。
税率忽然翻了三倍还多，大明的商人们自然不肯交易。在与西班牙当局接触失败后，京华的贸易船队领队带领包括三十七艘私家商船在内的贸易船队直接开回了大明，同时立刻向南洋舰队以及广州港、泉州港做了汇报。
高务实收到的消息中，无论是南洋舰队还是两港管理者都表示：德维拉总督简直是疯掉了。海洋贸易虽然利润很高，但也正因为这样的高利润，10%的货物税完全是割动脉放血级别的屠宰，这种举动对于一个殖民当局而言无异于杀鸡取卵。
但高务实一看到汇报就知道是怎么回事儿：德维拉总督并没有疯，他顶多也只是“被迫发疯”。
原因很简单，今年是万历十六年，也即公元1588年——无敌舰队第一次远征英格兰就发生在今年！
无敌舰队远征英格兰这件事从来都不是一锤子买卖，实际上“英西战争”是一场持续了约二十年的拉锯战。这场战争是西班牙殖民帝国与英格兰王国之间未经正式宣战的间歇性武装冲突，整各战争由多场大范围战役组成，起于1585年(万历十四年)英国与荷兰签订楠萨奇条约，英国支持荷兰抵抗西班牙帝国的统治。
换句话说，英西战争爆发的前提是尼德兰革命。这场革命也不必多说，只需要阐明一点，就是此刻的西班牙已经深陷尼德兰泥潭，并且在财政方面已经出现过了两次国家破产。
已经破产过两次的西班牙，又要调动浩大的无敌舰队远征英格兰，其中所需的资金显而易见是极其巨大的。
更糟糕的则是，此时法国宗教战争也打到了关键时刻，瓦卢瓦王朝最后的国王亨利三世已经扛不住了。根据西班牙国内的预计，弭患重病的亨利三世随时可能咽气，而极有可能继位的则是纳瓦拉的亨利。
纳瓦拉的亨利是西班牙国王腓力二世极其痛恨的人物，倒不是因为什么别的原因，主要是因为这位后来的亨利四世乃是一个胡格诺派(加尔文宗在法国的称谓)。
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