遵照《纪效新书》教导，朝军也将每11名士兵编成一小队，按兵种分为弓小队，火枪小队和刀斧小队。这11人协力合作，共同进退，形成一个战斗单位。然后三种小队各取其一，成为战斗大队。三大队又为一旗，三旗为一纵，五纵为一哨。全国共置25个哨，5哨驻防汉城，其余20哨分布全国各地。同时间，朝鲜国还打算在汉城与釜山之间，筑起多道防御线。
不过由于朝鲜国王大多把精力、财力都用在重修王京宫殿上，大臣们则是党争内斗不己，上面一系列计划，都成了一纸空文，明日和议三年中，朝鲜国就这样白白地虚度时光。
不但如此，朝鲜国还中了日本间谍要时罗的反间计，在万历二十五年正月十一日时，以抗令不遵不罪，将李舜臣押入囚车，绑送汉城，由元均接替三道水军使之职。
本来对于上次日人称为文禄之役的失利，丰臣秀吉的分析就是因为海路不通，海路不通最大的障碍就是李舜臣，所以他在发动陆地攻势之前，一定要把朝鲜水军消灭干净！而这关键的人物，就是除掉李舜臣。眼下目标达到，日本人没有忧患了。
万历二十五年正月二十三日，丰臣秀吉发布全国总动.员令，各军团纷纷自名护屋再次出阵朝鲜，最后入朝兵力近达十五万人，与上次出兵规模相当，日本史称庆长之役，朝鲜称之为丁酉再乱，大明称之为二次援朝之战爆发！
潮水般的日军涌来，登陆朝鲜沿岸各地，朝鲜举国震惊！朝鲜国王除了令都元帅权慄立刻点起重兵，抢先占领通往汉城的天险草梁道外，还于二十五日快马遣使向大明求援。本国的兵马靠不住，眼下大明在朝鲜的驻军又只有几千人，朝鲜国王又做好了逃亡的准备。
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消息传到了大明京师，己是二月初。
此时大明对日封贡正使杨方亨正好率团回京，封贡失败，这是大事，他将过错全部推到沈惟敬身上，并交出石星手书，书中有“如事办妥，荐沈惟敬为督抚”的话。加上事先大明得到朝鲜情报，倭将加藤清正已经奉命赴朝鲜整治军队，无数战船往来对马与釜山一线运送军力粮草。当天下午，朝鲜的使臣到达京师，向大明求援，这事情更是一发不可收拾。
万历帝雷霆大怒，下旨着锦衣卫捉拿沈惟敬，兵部尚书石星也倒了大霉，受牵累被革职待勘！很快的，锦衣卫查到沈惟敬在朝鲜庆州，将他抓了回来，关进了诏狱。三年后，沈惟敬经刑部定审，被判处死罪，于菜市口处斩！这位“民间外交家”，终于结束了他那奇特的一生。
册封失败，日人又再次开战，万历帝深恨丰臣秀吉无礼，正好朝鲜国向大明求援，万历皇帝顺水推舟，决定出兵救援朝鲜。
在万历皇帝的严厉督促下，大明上下以前所未有的效率廷议朝鲜之事。
二月初五日，明廷召百官议论朝鲜战局形势，分析日军动向。十一日再议援朝事宜，决定调宣府、大同和蓟、辽军队七千人，募浙兵三千七百人，并诏令朝鲜设立海防司道官。
二月十五日，廷议决定再度出兵援朝。命原延绥总兵官、都督同知麻贵为备倭总兵官，统帅南北诸军。杨元，刘綎，董一元等人为副总兵，统兵四万余人，即日入朝抗倭！其中，杨元部三千人马率先抵达汉城，然后马不停蹄地奔赴全罗道重镇南原，开始构筑防御工事。
三月十五日，升山东布政司右参政杨镐为右佥都御史，经略朝鲜军务。为了加强后援，支持杨镐经理朝鲜军务，紧接着又命兵部左侍郎邢玠为兵部尚书兼右副都御史，总督蓟辽、保定军务兼理粮饷，经略御倭。杨镐未至，先奏十事。其中有令朝鲜官民输粟，得增秩、授官、赎罪以及乡吏丁夫等免役。又以朝鲜君臣隐匿钱粮，不饷援朝明军，劾奏其罪。因此，朝鲜官民多怨杨镐。
三月二十五日，万历皇帝再召山西镇总兵黄来福进京，商议筹备东征军粮饷之事！
此次援朝之战的武将统兵人选，本来万历皇帝第一个想到的就是李如松，可惜现在李如松正与辽东土蛮大战，分身无力。万历皇帝不是没想过让黄来福统领大军，毕竟这些年黄来福的战功是摆在那的，打仗确是有一手。不过要紧的是黄来福现在还是太年轻了，才二十几岁，就是一镇总兵，还加着都督同知的衔，这军功再赏下去，到时赏无可赏怎么办？不论是万历皇帝，还是别的大明阁臣们，都认为黄来福这么年轻，如果立功太多的话，对大明，对黄来福将来，都不是好事。
在年初的塞外之战时，虽然黄来福斩首颇多，战功很大，不过兵部只是议定赏了他与部下一些银子，并且再将黄来福妻子顾云娘的诰命提了一级了事。所以此次的备倭总兵官，便改由麻贵担任，这位老兄，也是一员老将了，几十年来劳苦功高，又有着丰富的作战经验，是个合适人物。而且他年龄也到了，再打不了几仗了，没有功高震主的嫌疑。事实上，麻贵在任延绥镇总兵时，己经几次上书兵部，希望能提早荣休，几十年的军旅生涯，他己经疲倦了。不过这次再接到兵部的任命，他只能提起精神上了。
不过黄来福赚钱确是有一套，这是整个大明上下都承认的。此次战事一起，国库里花钱如流水般，很快的，万历皇帝便觉得承受不了的。又不知道要打几年仗，这援朝军队粮饷的筹备，便显得极为重要起来。内阁的意思是向大明百姓加派东征赋税，原来历史上就是这样干的。不过在眼下，万历皇帝朱翊钧却是想听听黄来福的意思，能不能不向百姓加派钱粮，而搞到充足的钱粮。
在这样的背景下，黄来福带着自己的班底，还有大批随行人员，又一次来到了京城中。
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