朝鲜国王李昖君臣渡海内附大明，大明朝廷并未接管到朝鲜仅存的南方军队。消息传到南方，朝鲜文武纷纷仓皇出逃渡海前往大明追随朝鲜王李昖内附大明上国。
朝鲜军队更是丧失抵抗信心，日军第五军团总大将福岛正则率本部五千兵马，偕户田胜成、生驹亲正、蜂须贺家政、蒲池信义等两万五千大军成功取忠清道。
朝鲜庆尚、忠清、江原、黄海、平安、咸镜、京畿七道已经沦陷，尚未沦陷的朝鲜全罗道在职官员大部分纷纷跟着出逃内附大明，留下者甚少，整个全罗道处于瘫痪状态。
全罗道光州的金千镒、全州高敬命早于6月1日组织义兵抵抗小早川隆景第六军团，金千镒、高敬命两人不得不接管全罗道，暂时稳定全罗道局势。
李舜臣、元均率领的朝鲜水军将士得知王廷君臣渡海内附大明上国，水军士气低沉。正在修破船的元均也不想修船了，带着手下五六百残兵败将五艘板屋船前往大明追随流亡内附君臣，只有李舜臣还在犹豫之中。
朝鲜只剩下全罗道得以保全，皆因庆尚道星州郭再祐于4月21日组织义兵，屡次令小早川隆景第六军团先左大将安国寺惠琼战败，使得小早川隆景第六军团无法顺利进入全罗道。
面对庆尚道、全罗道义兵蜂拥而起，奋勇抵抗，加上全罗道以东多是群山峻岭，侵朝日军第六军团无法进入全罗道，总大将小早川隆景于是率第六军团绕道北上从忠清道从北方攻入全罗道。
陆启航率南洋水师第二编队搭载陈武、梁雄统领的两千精兵借着东南信风渡海北上舟山沈家门港，随即横渡东海北上朝鲜全罗道西部沿海，在忠清道与全罗道交界处的锦江南岸临陂（群山）登陆。
陈武率一千台海游击将军府精锐大军向东赶往最近的全州，增援全州义兵将领高敬命，并带来了不少辎重补给，义兵急需的箭矢也有数万支，陈武一千精锐大军加入，全州义兵士气高涨，接连伏击两支西进的日军，缴获不少兵器。
梁雄率一千大军北上公州，陆启航也派出几艘适合锦江内河航运的沙船运送辎重前往公州。忠清道朝鲜官员大多已逃亡，公州出身的赵宪辞官归故里，散尽家财，与僧人灵圭组织义兵计划收复清州城。
一千大明台海游击将军府大军突然赶来公州，更是坚定了忠清道义兵收复清州城决心。赵宪、灵圭两人联合大明台海游击将军府援军整顿义兵，开始准备出兵夺回清州城。
陆启航率南洋水师第二编队南下全罗道光州，派使者率三百将士为金千镒送去大批箭矢兵器补给，金千镒一帮光州义兵正为辎重补给困难发愁，对台海游击将军陈瀚派将士雪中送炭支援感激万分，更是多了几分亲近。
金千镒欣然答应陆启航所派使者提出的联合抗日，愿与大明台海游击将军府援军抵抗小早川隆景统率的第六军团入侵全罗道，并表示愿听从陆启航指挥抵抗日军进攻，陆启航并没有过多插手义兵内部事务。
陆启航按照主公陈瀚指示接连派出使者赶赴庆尚道，与庆尚道义兵取得联系，协同抗击侵朝日军。随即率南洋水师第二编队赶往全罗道东南海域，以期与朝鲜水军汇合后与日本水军决战，一举击败日本水军，夺取对马海峡制海权。
全罗道东面多是崇山峻岭，便于义兵阻止日军入侵，加上庆尚道郭再祐率领的义兵抵抗安国寺惠琼，郑仁弘、孙仁甲、金沔也组织起义兵抵抗毛利辉元第七军团。
朝鲜义兵利用熟悉的地理优势四处袭击侵朝日军，使得侵朝日军疲于奔命。随着陈瀚派出大军增援朝鲜义兵抗击侵朝日军，侵朝日军在朝鲜各地不断遭到义兵袭击，损失不小，福岛正则手下更有内奸蒲池信义通风报信，出卖友军。
侵朝日军在陆上进入全罗道进展不利，负责海路进攻的日本水军也先后与朝鲜水军在玉浦海战失败后，双方水军接连不断展开较大规模的泗川、唐浦海战，日本水军接连在海战中战败，朝鲜水军也损失不小。
日本水军依旧掌握着对马海峡制海权，日本水军接连在玉浦、泗川、唐浦海战战败震惊了丰臣秀吉。六月廿三日，丰臣秀吉召集后方输送粮草，命水军总大将九鬼嘉隆、大将加藤嘉明、胁坂安治统率日本水军主力进攻朝鲜水军。
朝鲜王李昖君臣渡海内附大明的消息传到朝鲜水军中，朝鲜水军士气低落，日军物见番头侦知这一消息后，九鬼嘉隆决定趁机对全罗道朝鲜水军发起进攻。
七月初，日本水军总大将九鬼嘉隆调集两百余艘战船集结于巨济岛，以胁坂安治为先左大将率八十艘战船一千水军进攻全罗水港唐浦朝鲜水军。九鬼嘉隆同加藤嘉明随后率藤堂高虎、龟井兹矩等水军大将赶至。
随着朝鲜两支水军临时搭伙作战，加上元均率领的庆尚水军属于客军，性格鲁莽的元均与李舜臣及其手下矛盾加剧，元均更是对李舜臣唯命是从的手下五员大将权俊、裴兴立、李纯信、金得光、宋希立蔑称为李舜臣‘五子’。
朝鲜水军大营帅帐中，一袭大黑官袍头戴短展角幞头，一脸阴沉的李舜臣正召集手下大将道：“殿下渡海内附天子，如今军中军心涣散，短期之内怕是不能再战了。”
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