内阁拿到朱由校制定的吕宋土着对待政策后，随即开始安排具体实行，此时内阁的行政效率已经大大提升。
严格的说，是内阁下面的六部和地方官员的执行效率大幅度提升。
此时北直隶、东北地区、台湾和吕宋地区的官员，都是严格筛选淘汰后剩下的，这些官员都具备普遍的共同特征，那就是有行政经验，而且比较的廉洁。并且在这一地区内，有最为严格的行政监督和处罚措施，同时也有较好的俸禄待遇。
在这些地区的地方官府行政效率是最高的，同时行政模式也开始和传统的行政方式有所改变。
明王朝传统的行政模式最大的特点就是官员少、吏员少，基本上是一种地方自治模式。
如今朱由校正在改变这一问题，吏员数量开始增长，公务员制度开始明确施行，临时工开始逐渐有了官方编制。
同时加大了对乡镇的控制力，此时内阁正在编制中增加乡长、镇长，这些乡镇都成立了汉皇党委员会，采取中央委派汉皇党成员担任书记，地方读书人担任乡长、镇长的模式。
这个政策是天启五年开始实施的，这个制度出现后很快就得到了北方士子的支持，这意味着他们能够在本地乡镇得到出仕的机会。
将行政覆盖到乡镇，是朝廷在接下来要继续施行的政策。如此一来，可以大大的提高对地方的掌控能力，同时构建一个完整的行政的层次，虽然行政成本有所增加，但好处却是太大了。
如果是过去的行政制度，一个县令要对地方进行管理，必须依靠地方乡绅。这些地方乡绅很多时候是不承担具体的行政管理的，只是配合官府的一些行政，效率太低了。地方县令对地方的掌控能力变得很差，行政效率也不高。
有了乡镇政府后，行政效率就可以大大提升。地方乡镇出了问题可以责问，上面有政策下来也可以直接下达文件。
同时在疫情防控、政府宣传、资源调配等方面都能更快。
在天启五年，整个新政区域，都增加了公安局。公安人员编制也有增加，过去捕快临时工也是最多的。这种临时工制度，并不是后来中国独有，明代就非常盛行了。
一个县城十几个捕快，可想而知其人员是多么缺乏了。
同时朱由校不久前还成立了一个公安大学，并从基层选拔了数十名办案经验丰富的捕头前来教学。
公安大学除了正常招生外，还有进修班。用来培训地方捕头，同时从中央军退伍军人中选拔一批送去进修。
北直隶的公安系统在天启五年率先全面铺设完成，除了州县有公安局外，乡镇也有派出所。
公安局是有了，法院还没有。
成立地方法院的决议很快也早朝的时候通过了，吏部郭允厚负责具体执行。同时对此前出台的《北直隶治安管理条例》也进行了完善，各种量刑标准也进行了修改。
郭允厚随即向朱由校提出先成立省级法院和府级法院，州县级的地方法院先暂缓，州县的刑案先交由府级和省级法院审理。从而避免法院系统铺设速度过快，导致鱼龙混杂的现象。同时先集中审理，也有助于避免冤案错案。
朱由校同意了这个建议，同时又成立了一所政法大学，抓紧培养正规行政、司法人才。
政法大学成立之后，日后地方官员上任之前都将在政法大学先进修一段时间。特别是刚考取功名的士子，更是要在政法大学学习之后再任命官职。并且任命什么官职，也根据政法大学的学习考核来决定，同时政法大学还会先任命一些基层职位让这些士子实习，实习表现考核将决定其正式职位任命的高低。
政法大学的成立，改变了过去士子刚考取功名就能进入官场的现象。
朱由校加快了吏治建设速度，吏治是一个国家最根本的东西，而明末最混乱的也是吏治。
到了天启五年年末，北直隶省、府级法院，以及东北等新政区域的省级法院都设立完毕。
这些法院都是由中央吏部、大理寺、都察院共同派遣人员，各自担任不同职务。施行三个部门相互监督、互不隶属的制度。
“朕听闻各地冤案众多，可是确有其事？”朱由校这天早朝对群臣问道。
“启禀陛下，北直隶的冤案此前已经梳理了一部分，不过都是百姓上京告御状，地方上确实还存有不少冤案错案。”郭允厚说道。
“既然如此，加之北直隶省府法院已经成立，三司即日开始全面梳理北直隶冤案。该平反的平反，该追究的追究。”朱由校下旨道，“北直隶梳理完毕之后，再对北方各省进行逐步梳理。”
“是，陛下。”
排查冤案的行动确定了下来，这时候刚调任公安部部长的原锦衣卫副指挥使许显纯出列禀报道：“启禀陛下，臣命令各地调查北直隶地方情况，发现北直隶各地的地痞流氓数量众多，多数游手好闲、四处扰民滋事，或攀附权贵欺压百姓，在地方影响极为恶劣，还请陛下下旨扫除这些地痞流氓。”
“准，令锦衣卫与东厂配合公安部，在新政地区展开全面严打。”朱由校必须对地方不良风气进行彻底的整治了，这些地痞流氓虽然看似不可能动摇明王朝的统治，但是对百姓的骚扰却是太严重了。
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