此时，坐镇贵阳的滇军头领唐继尧已经察觉国防军由鄂湘西进川黔迂回重庆、成都的企图，急忙调动刘存厚部川军由秦岭、大巴山南撤入川。令滇军一个军在南川及其以东地区布防，以迟滞国防军前进，掩护刘存厚集团主力南撤。基于这种情况，蓝季豪中将令第9集团军主力和第50山地师迅速经黔西北向泸州、宜宾前进，令快速反应77师等部立即强渡乌江，进至南川地区，围歼川军刘湘部。遵此命令，第9集团军主力以迅猛动作对川军在川东各部实施迂回包围，7月2日，第9集团军三个机步师将川军刘湘部及川东各部共计1万余人歼灭于南川以北地区，并乘胜在重庆外围歼灭前来增援之滇军第1军一部。5日，川军川东残部逃往成都，6日国防军第12机步师占领重庆。一直到7月12日，第9集团军主力和第50山地师等部分别进至内江、铜梁、广安、万县、自贡、荣县地区，至此，革命党军向黔、滇之主要退路已被切断。
在军事打击的同时，政治争取也取得了极大的成功。在新华党中央党部、国防军总部的统一领导和部署下，段芝泉、熊秉三、蔡元培等人积极开展了对敌政治攻势和策反工作。6月21日，吴宸轩以新华党党首、中国国防部总长名义向西南军阀部队的军政人员提出四项忠告，号召他们停止抵抗，投向光明，改过自新，立功赎罪，并明确规定了政策界限，对业已起义和投诚的武装，一律暂不编散，不收缴武器，指定地点集中，听候处理。
7月23日至29日，云南督军兼滇军总司令唐继尧、西康省靖边使刘文辉、革命党西南支部主任、革命党中央委员熊克武、川军第4军军长邓锡侯等率所部分别在云南昆明、西康雅安、四川彭县通电起义。
7月30日，刘存厚等人秘密逃往藏区。8月1日，第7集团军野战军第9、第15机步师分别由川东、川南西进，至20日进至遂宁、眉山、丹陵、邛崃、大邑一线，完全切断了川内残军的退路。
8月6日在国防军的军事压力和政治争取下，被围之川军第7、第15、第16、第20师宣布起义。由崇庆、新津分两路突围之川军第5师除一部逃往西昌外，其余被第7集团军山地10师歼灭在邛崃、大邑一线。
8月11日，成都警备区川军部队在成都以东地区宣布起义，当日，国防军占领成都，云南、贵州两省也已经传檄而定，至此西南战役胜利结束。
8月12日，吴宸轩发布了《祝贺西南战役胜利告前线将士和全国同胞书》，提出共和九年的新任务是：“统一包括新疆、西藏在内的大陆领土和歼灭任何非国家武装的最后残余，完成统一中国的事业，不让敌对侵略势力在我们领土上有任何立足点。”同时提出要逐步转入和平建设，医治战争创伤，克服战后的财政经济困难，恢复工农业生产和交通事业。
8月18日，即成都战役结束后的第7天，总参谋长段芝泉出席重庆市庆祝西南统一大会，发表入川后的第一次长篇演讲。
段芝泉号召驻西南全体部队说：艰巨的任务正安排在我们面前，10万起义、投诚、俘虏的部队急需改造，4000万的群众尚待从封建制度桎梏下解放出来，政令军令统一必须在明冬后春完成。而当前的肃清匪特、巩固治安和急不待缓的征粮工作，都有待于军队为主去参加完成。当我们战败了武装的西南武装割据集团后，彻底消灭封建的战略任务已经放在我们当前的日程上了。段总参的讲话获得了台下第7集团军、第9集团军和第10集团军各部军官士兵的热烈鼓掌欢迎，各部纷纷主动做好了继续进行剿匪战争和进藏进疆的准备。
此时在五千米的高空，有两位乘客却没这份豪情。手里捏着一份“公*函”，让熊克武此刻充满了气愤、失落、烦躁。原来这是西南战役前指在7月20日向各部发放的内部宣传稿件，其中对于唐继尧和熊克武这样的率部抵抗国防军的军阀头子自然没有好的评价，让以缔造共和功臣自居的熊克武深感自己的历史功绩被抹杀了。为了安抚熊克武，段总参、蓝季豪特地在重庆天府饭店小宴会厅宴请唐继尧、熊克武等人。段祺瑞一上来就先给两人吃了颗定心丸，说二位将军和平起义有功，国家和国防军都不会亏待。“便宴谈话”后，熊克武的情绪略有改变，但心中的不满仍未消除，他甚至向共和国南京政府外交部发电，要申领护照出国。
接着发生的情况更让熊克武心情恶劣。在西南战役前指政治处的安排下，唐继尧、熊克武从沙坪坝的军营搬进了九龙坡的刘存厚别墅。搬完家没几天，电话响了，听筒里的声音很冲：“我是重庆市政府善后工作处，现在通知你，立即到重庆市政府善后工作处办理登记。”“我是熊克武！”熊克武提醒对方。对方十分强硬，“通知的就是你熊克武。新的重庆市政府通告：凡革命党军、警、政人员，必须限期登记！你难道不是革命党军官？”熊克武一时间竟然不知如何作答。
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