就在张鼓峰事件之后没过多久，日苏军队又在中国东北与蒙古接壤地区的边境屡屡发生冲突，1939年5月12日，日、苏军队在哈勒欣河附近的诺门坎地区发生大规模的激烈交战，此事件也称哈勒欣河事件。
1939年5月12日关东军指使“满洲军”进攻诺门坎附近的蒙古人民共和国驻军，挑起诺门坎事件。7月1日日军出动第23师团和130架飞机侵入诺门坎，遭到苏联军队的猛烈回击，异常惨烈的战斗进行三日，日军遭受重创而被击退。
日军不甘心失败，于7月23日再度组织部队卷土重来，实施疯狂的报复进攻，结果被早已严阵以待的苏联军队打得落花水，仅一天功夫就被击溃败逃。
为了给日军致命一击而消除隐患，8月20日朱可夫将军指挥苏蒙联军，在坦克、重炮、飞机掩护下发起总攻击，结果日军遭到装备优良的苏军的重创，死伤1万7千余名，第23师团几乎全军覆没。
23日《苏德互不侵犯条约》订立，9月3日，日本大本营强令关东军停止作战行动并撤换其司令官、参谋长，9月9日，日本驻苏大使东乡茂德奉命与苏联交涉停战事宜，苏联鉴于欧洲大战已开始，便接受了日方求和的要求，于9月15日莫洛托夫与东乡订立诺门坎停战协定。
诺门坎事件之后，日军“加茂部队”正式从背阴河和滨江迁进了用铁丝网围起平房附近三屯、四屯和五屯三个村落的这个大军事设施特区之中，再改秘密番号，称之为“满洲731部队”。
从此，在这一军事设施内究竟发生了些什么事，进行了什么样的研究，这在当时是绝密中的绝密，是被封锁在军队厚厚的帷幕之中的。“即使是友军的飞机，擅自飞入上空时，也可以击落”，因为，731部队拥有专用的战斗机。
当时，日军在哈尔滨市的恐怖课题组分为新旧两大区，新市区吉林街有一幢叫做“白桦寮”的红砖建筑，是一栋三层的高大建筑（部分是两层），这里是联接部队外部和内部的秘密联络站，白桦寮和法国电影中常常出现的那种公寓相似，是一幢设有内部庭院的“口”字型的建筑，在入口处有大门，供部队的军用卡车和大轿车出入。
731部队人员前往哈尔滨市时，先乘大轿车或卡车到白桦寮，在内部庭院里换上便装再出大门，前往哈尔滨市内，而返回731部队时，则按相反的顺序来进行。
白桦寮是一种像公用大厦的建筑，作为若干与日本军队有关的机关、团体的办公室、投宿、就餐来使用，表面上是满洲国政府接收的一幢建筑物，实际上是731部队的秘密联络站，不过，即使是哈尔滨市市内的日本人中也只有极少数人知道这一点。
从白桦寮出发，穿过哈尔滨市内，在左手方向可以看见忠灵塔，乘坐大轿车沿着宽阔的农村道路，摇晃约近一小时，通过新发屯，过五屯，来到右手方向可以看到四屯的地方，就看到了与被叫做8372部队的航空队专用机场相邻接的、用铁丝网和土墙弯弯曲曲包围着的宽阔的一角，这就是731部队的根据地。
在这里的日本生物医学专家，根据日军于1941年侵入荷属东印度群岛时，发现的JanVanderhaven的工作记录的一份副本，找到了一星半点的理论和临床症状医学观察，便开始了代号“樱咲（CherryBlossom）”的研究、试验，宗旨是通过生物实验，繁殖并训练一支支丧尸部队或丧尸军团，让这种不死军团代替不可战胜的皇军士卒，续写统治亚洲的新辉煌。
他们把这批捆绑来的疯病士兵或者叫丧尸中的四分之一用来试验，其余四分之三用来增加丧尸的数目。增加丧尸数量的来源大致有三个来源。
（一）东北抗联战士、华中和华北战场上被俘的八路军战士和干部、国民党军官兵、反抗的土匪胡子或军阀部队以及城市、农村里由于同抗日斗争有关连而被捕的知识分子和工人们，日军利用军用列车把他们由各地的俘虏收容所运往哈尔滨，直接押送到731部队中去。
（二）在哈尔滨市内及其附近地区逮捕的苏联红军官兵（情报部人员）以及白俄和他们的家属，首先把他们关在哈尔滨市内的“保护院”里，然后由哈尔滨的特务机关或宪兵队押送到731部队中去。
（三）哈尔滨市郊外“忠灵塔”附近的集中营里关押的一般中国市民，他们几乎都是由于上当受骗而被迫当了“试验品”……其中，也有仅犯了盗窃罪的刑事犯，到了最后，他们竞绑架当地大批无辜青壮农民。
从哈尔滨往731部队押送犯人，押送囚犯主要是在夜间进行，押送执行队在领到囚犯之后，先乘坐押送车前往平房火车站，以便交给731部队。
在那里，押送执行队的车停在大门口，由一个人走近哨兵所，同哨兵进行联系之后，哨兵同营地内的监狱值班员通电话，尔后，值班人员出来，把这批囚犯护送进监狱，刚建成时每栋楼有20至24间单人牢房，但是后来，一层楼约有近一半的房间巳转用为器材仓库和集体牢房了。
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